1. Juniper
Juniperus adalah genus besar lebih dari 50 pohon jenis konifera hijau dan semak belukar yang populer sebagai pohon bonsai.Semua spesies juniper bagus untuk ditanam sebagai bonsai.
Juniper populer sebagai bonsai karena dua alasan utama.Pertama,dedaunan kecil cocok dengan estetika miniatur bonsai;dan kedua,juniper adalah pohon kuat yang tahan terhadap pemangkasan agresif.Pohon bonsai juniper tidak tumbuh dengan baik ketika ditanam di dalam ruangan,dan sangat penting untuk ditanam di tanah yang kering.

2. Pinus
Pohon pinus populer sebagai bonsai karena kuat dan dapat dilatih.Bahkan,pohon pinus dapat dibentuk menjadi hampir semua gaya bonsai yang banyak orang kenal.Pohon pinus dicirikan oleh jarum yang muncul dalam bundel dua hingga lima,dan kulit kayu yang menjadi bersisik atau bersisik seiring bertambahnya usia. 
Spesies yang sangat baik untuk bonsai termasuk pinus thunbergii(pinus hitam Jepang),P.mugo(pinus gunung),P.sylvestris(pinus Skotlandia),dan P.parviflora(pinus putih Jepang).

3. Maple Jepang(Acer palmatum)
Maple Jepang adalah pohon kayu keras yang terkenal dengan daun merah-merah anggur atau hijau yang berubah menjadi merah terang,oranye,atau kuning di musim gugur. Kulit pohon maple muda Jepang biasanya berwarna hijau atau kemerahan,berubah menjadi abu-abu atau coklat keabu-abuan seiring bertambahnya usia.
Peringatan bagi para penggemar bonsai yang tidak punya banyak waktu untuk mendedikasikan diri pada kerajinan itu—maple Jepang membutuhkan banyak air,terutama selama musim tanam.Tergantung pada suhu,mereka mungkin memerlukan penyiraman setiap hari,bahkan mungkin beberapa kali sehari.

4. Ceri Berbunga (Prunus serrulata)
Pohon ceri secara tradisional diyakini menandakan persahabatan,dan varietas seperti ceri berbunga(Jepang) juga bisa menjadi pohon bonsai yang indah.Pohon-pohon hias yang berganti daun ini tidak hanya cantik,tetapi juga mudah dilatih karena cabang dan batangnya lentur dan mudah dibentuk.
Sementara pohon ceri bonsai dapat ditanam di dalam ruangan,mereka mungkin menderita kekurangan cahaya dan tumbuh paling baik ketika ditanam di luar ruangan di bulan-bulan musim panas.

5.Cedar
Kulit pohon cedar yang kasar telah menjadikannya pilihan populer di kalangan penggemar bonsai.Pohon cedar adalah tumbuhan runjung hijau yang menumbuhkan kelompok jarum pendek di sepanjang cabangnya,memberikan kesempatan untuk gaya bonsai yang sangat dramatis.Selain drama yang mengesankan,pohon cedar tidak ideal untuk pemula.Mereka membutuhkan perawatan dan keahlian khusus untuk tumbuh dengan baik sebagai bonsai dan paling cocok untuk petani berpengalaman.
Ada empat spesies cedar yang sering ditanam sebagai bonsai:cedar Lebanon(cedrus libania),cedar Siprus(cedrus brevifolia),cedar Himalaya(cedrus deodara),dan Atlas cedar(Cedrus atlantica).